ينطلق المركز في جميع أعماله من المبادئ التالية:
- الموضوعية وتحري الدقة في تناول القضايا المختلفة، وذلك حرصا على نقل الحقيقة الكاملة، ومراعاة الشفافية في التعامل مع المصادر.
- الحياد التام في جميع القضايا والأحداث، بما يضمن مهنية المركز وانحيازه للحقائق العلمية.
- المصداقية والاعتماد على الأدلة والبراهين لتحقيق النزاهة العلمية، وحرصا على تحمل المسؤولية بأمانة تامة، لكسب ثقة المجتمع.
- الاستقلالية وعدم تأثير أي جهة على قرارات المركز، وذلك لضمان تقديم وجهات النظر المختلفة دون محاباة أو انحياز.
- الأمانة في نقل المعلومات والأحداث، والابتعاد عن التزييف في نقل الحقائق، ومراعاة الأمانة العلمية في عزو الاقتباس إلى مصدره، والأقوال إلى أصحابها.
- التحلي بالقيم المهنية في تحري المعلومات والبيانات، واحترام الخصوصيات، وحفظ حق الأفراد الراغبين بعدم الكشف عن هوياتهم.
- التحلي بالقيم الأخلاقية لحماية مصالح المجتمع، وتسليط الضوء على الظواهر الاجتماعية السيئة.
- الاعتراف بالخطأ فور وقوعه، والمبادرة إلى تصحيحه وتفادي تكراره.